Minha resposta está quase meia década atrasada, mas antes tarde do que nunca rsrs
Você pode gerar a PCB no eagle e utilizar uma extensão ULP chamada PCB-GCODE. O eagle é um dos mehores softwares para gerar PCB, mas não é gratuito. Tem a versão TRIAL que funciona normalmente, mas tem limitação no tamanho máximo da pcb.
Outra alternativa é o inkscape, com ele dá pra importar a imagem do circuito no formato imagem normal e converter em vetor e posteriormente gerar o gcode. O software é free mas é um pouco complicado de mexer no início.
Outro software que também gostei bastante é o ArtCam, também dá pra importar a imagem do circuito e gerar o gcode a partir dela.